Japanilaisilla kääpiövaahterapuilla on yleensä matala juuristo. Useimpien kääpiölajikkeiden juuret kasvavat vain noin 12-24 tuuman syvyyteen, vaikka ne voivat levitä jopa 2-3 kertaa korkeuteensa leveyteen. Tämän ansiosta ne sopivat hyvin konttiviljelyyn tai istutukseen pienissä puutarhatiloissa.